non l'ho mai fatto, anche se conosco come farlo, sinceramente aumenta la complessità e non ne ho mai trovato utilità o bisogno:
http://msdn.microsoft.com/it-it/library/4191fzwb(v=vs.110).aspx
http://msdn.microsoft.com/it-it/library/823z9h8w(v=vs.110).aspx
esempio:
<configuration>
<runtime>
<assemblyBinding xmlns="urn:schemas-microsoft-com:asm.v1">
<probing privatePath="bin;bin2\subbin;bin3"/>
</assemblyBinding>
</runtime>
</configuration>
puoi copiare i binari con una post build:
http://msdn.microsoft.com/it-it/library/42x5kfw4%28v=vs.80%29.aspx
se ti serve ancora più controllo puoi intercettare il caricamento delle dll da codice (ma non farlo dai 
):
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/system.appdomain.assemblyresolve.aspx
Michael Denny | Visual C# MVP
http://blogs.dotnethell.it/Regulator/
http://dennymichael.wordpress.com
http://mvp.microsoft.com/mvp/Michael%20Denny-5000735
Twitter: @dennymic