// Apro l'App.Config
System.Configuration.Configuration config = ConfigurationManager.OpenExeConfiguration(ConfigurationUserLevel.None);

// Aggiungo un settings di applicazione
config.AppSettings.Settings.Add("Data Modifica", DateTime.Now.ToLongTimeString() + " ");

// Salvo il file di configurazione
config.Save(ConfigurationSaveMode.Modified);

// Ricarico la sezione appSettings
ConfigurationManager.RefreshSection("appSettings");