Probabilmente è un errato uso dei CSS.
Prova così:
<html>
<body>
<style type="text/css">
#Container{width:100%;background:red}
#MenuPane{height:100px;width:200px;float:left;background:yellow}
</style>
<div id="Container">
<div id="MenuPane">
</div>
</div>
</body>
</html>
Menù Pane è la colonna in cui inserire il Menù e Container è la cornice esterna.
Il menù sta a sinistra per via del float:left.
Adatta l'esempio in base alle tue necessità.
Ciao
David De Giacomi | Microsoft MVP
http://blogs.dotnethell.it/david/