Ora non ho modo di provare ma... magari potresti fare un tentativo.... assegnando le stringhe
c:\temp\200609\0001.pdf
c:\temp\200609\0002.pdf
...
ecc . a delle variabili con il comando SET.
Esempio :
set file1=c:\temp\200609\0001.pdf
set file2=c:\temp\200609\0002.pdf
....
set file313=c:\temp\200609\0313.pdf
Successivamente potresti richiamare queste variabili quando lanci il comando :
pdftk %file1% %file2% ...... %file313% cat output c:\temp\200609\200609.pdf
Magari questa stringa la digerisce meglio.
Ciao
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