Non è possibile assegnare un tema a una master page, hai 2 possibilità:
1. Imposti il tema nel web.config
<configuration>
<system.web>
<pages theme="ThemeName" />
</system.web>
</configuration>
2. La master page eredita il tema della pagina in cui si trova, quindi se vuoi assegnare un tema diverso da quello di default lo definisci nella pagina in cui vai ad utilizzare la master page
Personalmente preferisco la prima soluzione
Peace
Gvnn
http://www.gvnn.it
http://www.sqlwebarchitect.org
http://blogs.dotnethell.it/gvnn/