Ciao,
Non ho capito bene il tuo problema... cmq provo a rispondere.
All'interno del web.config puoi inserire questo codice sotto il tag <system.web>
<customErrors mode="on" defaultRedirect="errore.aspx">
<error statusCode="404" redirect="errore404.aspx"/>
</customErrors>
Nel defaultRedirect è possibile specificare una pagina diversa da quella rilasciata di default dal parser nel caso in cui uno script o qualsiasi altra procedura vada in errore.
Con lo statusCode viene intercettato il tipo di errore (404 = pagina non trovata) e quindi è possibile impostare un'altra pagina personalizzata.
Fammi sapere se sono stato chiaro.
Ciao ciao