Risolto cosi:
protected override void OnLoad(EventArgs e)
{
base.OnLoad(e);
ScriptManager.RegisterOnSubmitStatement(this, typeof(FCKeditorAjax), "FCKeditorAjaxOnSubmit",
"if(typeof(FredCK) != 'undefined'){FredCK.FCKeditorV2.Ajax.FCKeditorAjax.WebForm_OnSubmit();}");
}
Spero di non aver cantato vittoria troppo presto...