Il WebConfig messo in una virtual directory viene ereditato dal WebConfig del sito radice, per evitare che questo accada, si può utilizzare un comando di clear in ogni sezione del config, in questo modo:
<configuration>
<appSettings>
<clear />
<add key="TestSetting" value="0"/>
</appSettings>
</configuration>
Ma è possibile anche bloccare l'inherits del webconfig dichirando una location e specificandogli la proprietà inheritInChildApplications a false, così:
<configuration>
<location inheritInChildApplications="false">
<appSettings>
<add key="TestSetting" value="0"/>
</appSettings>
</location>
</configuration>
Questa è la documentazione della proprietà suddetta: http://msdn.microsoft.com/en-us/library/system.configuration.sectioninformation.inheritinchildapplications.aspx
Spero di esserti stato utile...
Enjoy It 
- Michael -
http://blogs.dotnethell.it/Regulator/