Ciao
Non esiste un modo per eliminare una riga da un file, quello che devi fare è sovrascrivere i dati interessati e accorciare la lunghezza del file in modo da tagliar fuori i dati in eccesso. Per sovrascrivere i dati devi portarti alla posizione a cui iniziano i dati da sovrascrivere, mediante il metodo Seek di FileStream, per tagliare il file usi il metodo SetLength:
'Lo stream del file
Dim fStr As New FileStream("C:\file.ext", FileMode.Open, FileAccess.ReadWrite)
'L'offset a cui iniziano i dati da modificare
Dim offset As Integer
'Imposta la posizione dello stream all'inizio dei dati da sovrascrivere
fStr.Seek(offset, SeekOrigin.Begin)
'i dati a scrivere (devi ottenerli dal file)
Dim newData As Byte()
'Sovrascrive i dati
fStr.Write(newData, 0, newData.Length)
'Accorcia la lunghezza del file all'offset dell'ultimo byte scritto
fStr.SetLength(fStr.Position)
'Chiude il flusso
fStr.Close()
Luca