Ciao,
Non esiste una funzione "ufficiale" e documentata, però puoi usare questa riga di comando:
RunDll32.exe InetCpl.cpl,ClearMyTracksByProcess 4351
Quindi come codice C#:
Ti rimando qui per informazioni aggiuntive:
http://www.howtogeek.com/howto/windows/clear-ie7-browsing-history-from-the-command-line/
Luca