>Uso dotnet.
Beh in caso contrario non credo che avresti postato qui 
Comunque, attraverso librerie native di .net dubito fortemente che tu possa convertire da pdf ad html.
Credo che però potresti provare un escamotage:
Ti scarichi pdftohtml da
http://sourceforge.net/project/showfiles.php?group_id=45839&package_id=40578&release_id=436795
e poi fai una roba del genere:
Process p = new Process();
p.StartInfo.UseShellExecute = false;
p.StartInfo.RedirectStandardOutput = true;
p.StartInfo.FileName = "pdftohtml.exe";
p.StartInfo.Arguments = "-stdout tuofile.pdf"
p.Start();
string output = p.StandardOutput.ReadToEnd();
p.WaitForExit();
E nella variabile output hai il tuo bel codice html generato dal programma.
Riccardo