Ciao
Se ti serve avere un numero costante di colonne e un numero variabile di righe (differente) per ogni colonna, puoi crearti un'array di ArrayList (o meglio di List<int>), in questo modo:
//Crea una matrice di 100 List<int>
List<int>[] array = new List<int>[100];
//Inizializza ogni List<int>
array.Initialize();
int x, y;
//Aggiunge un elemento nella colonna x
array[x].Add(12345);
//Accede all'elemento (x,y)
int elem = array[x][y];
//Modifica l'elemento in posizione (x,y)
array[x][y] = 12345;
Luca