Si e no,
Nel primo caso solo se il quarto elemento (paperino) quindi quello dopo "ag12345" inizia con "ag"
Nel secondo no perchè vai a considerare solo il 3° elemento.
Nel primo caso cmq puoi andare ad aggiungere una clausola IsNumeric:
For i As Integer = 0 To mySplit.GetUpperBound(0) - 1
Dim myTXT As String = mySplit(i).ToString
If myTXT.StartsWith("ag") = True Then
myNumber = myTXT.Replace("ag", "")
If IsNumeric(myNumber) = True Then
MsgBox(myNumber)
End If
End If
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Ciao
alexmed