Mi sembra che imposti le label ="00" prima di visualizzare il valore nel MaskedTextBox nel timer1_Tick.
lblHr.Text = "00";
lblMin.Text = "00";
lblSec.Text = "00";
CowntDown.Text = lblHr.Text + lblMin.Text + lblSec.Text;
Alessio
http://blogs.dotnethell.it/alessiop