Ciao,
secondo me non è una cavolata, anzi sarebbe una gran cosa, soprattutto più sono i dati e gli utenti che accedono alle cartelle più bisognarebbe che queste ultime non si vedessero!
Fossi in te creerei un database con una tabella in cui vengono registrari i documenti, i dati essenziali che registrerei sono:
una volta che il software di gestione riceve un file registra aggiunge un nuovo record nel quele immette il nome e l'estensione, poi lo salva in una cartella rinominato "doc" + ID + ".dat", alla cartella in questione dai i
permessi di accesso solo al software (magari impostarla come nascosta o addiruttura di sistema). Nel momento in cui uno fa la richiesta di un file si cerca l'id nel db, si ricostruisce il nome del file nella cartella, si preleva il file, lo si rinomina e lo si dà all'interessato!
Io l'ho fatto così per la mia ex azienda, aveva una immensità di dati da gestire. Una volta fatto con poche modifiche al codice del software puoi anche pesare di gestire più cartelle, magari in server diversi se gli accessi sono tanti così ripartisci il carico di lavoro in macchine differenti... ti viene comodo se la LAN è divisa in sottoreti per reparti o per funzioni aziendali!
Questa è la mia idea... buon lavoro