Ciao,
un altro buon metodo è usare la classe "Configuration" del namespace "System.Configuration" (che devi referenziare), con cui poi sei anche tipizzato per le varie sezioni (che puoi aggiungere/togliere etc...).
Il codice è di questo tipo:
Configuration config = ConfigurationManager.OpenExeConfiguration("...pathExe...");
config.AppSettings.Settings.Add(nome,valore);
config.ConnectionStrings.ConnectionStrings.Add(...);
...
poi se devi farlo in fase di installazione, puoi personalizzare il wizard in questo modo:
http://blogs.dotnethell.it/freeteo/Far-apparire-una-Form-.net-durante-il-deploy-con-Windows-Installer__15332.aspx
Ciao.
Matteo Raumer
[MVP Visual C#]
http://blogs.dotnethell.it/freeteo