Ciao.
Devi primare creare il nodo padre per poi poter fare riferimento ad esso per creare i nodi figlio.
Quindi:
TreeView1.Nodes.Add(New TreeNode(reader("ID").Tostring,reader("Descrizione").Tostring)
TreeView1.Nodes(reader("ID")).Nodes.Add(New TreeNode(reader2("Note" & "<br>")))
Altrimenti non ho capito cosa intendi fare..
Facci sapere...
Ciao