Se ho ben capito hai una struttura (filesystem) di questo tipo:
root
js
jquery.js
css
stile.css
esempio.aspx
cartella
esempio2.aspx
In esempio.aspx il css si vede, in esempio2.aspx invece no? Se, per quanto riguarda i css, il problema è questo, il problema è in esempio2.aspx. Sei in un sotto-livello, per poter raggiungere il css devi indicare src="../css/..".
In generale, tutti i file che stai utilizzando sono mappati nel tuo progetto?