Ciao,
potresti anche usare la proprietà Settings dell'applicativo, salvando la stringa di connessione li dentro, e poi tramite codice (e quindi facendo ad esempio una maschera di amministrazione) andare a settarlo.
Ti lascio qualche link dove prendere spunto:
http://www.codeproject.com/KB/vb/appsettings2005.aspx
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/a65txexh(VS.80).aspx
Se invece vuoi proprio avere la connectionstring che sia sotto all'insieme ConfigurationManager.ConnectionStrings allora puoi modificare l'app.config da codice usando le classi del namespace "System.Configuration" del framework, che ti permettono di fare le operazioni sui file config in maniera agile.
Il codice è qualcosa tipo:
Dim config As Configuration = ConfigurationManager.OpenExeConfiguration("...pathExe...")
Dim cn As ConnectionStringSettings = New ConnectionStringSettings("...nome...",
"....connectionstring....",
"System.Data.SqlClient")
config.ConnectionStrings.ConnectionStrings.Clear
config.ConnectionStrings.ConnectionStrings.Add(cn)
ConfigurationManager.RefreshSection("connectionStrings")
config.Save
Ciao.
Matteo Raumer
[MCAD .net, MVP Visual C#]
http://blogs.dotnethell.it/freeteo