Nel registro di sistema crei una chiave per avviare l'applicazione, passando come parametro "-autorun"; quindi l'applicazione farà una cosa di questo tipo:
Public Shared Sub Main()
Dim args() As String = Environment.GetCommandLineArgs()
If args.Contains("-autorun") Then
' Avvia in modalità "silenziosa"
Else
' Avvia in modalità normale
End If
End Sub
La chiave poi è da mettere nel registro qui:
HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run ' Per tutti gli utenti
HKCU\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run ' Per l'utente corrente
Come nome imposti il nome della tua applicazione, e come valore il percorso completo dell'eseguibile, con in fondo l'argomento "-autorun"
"C:\Program Files\TuaApp\TuaApp.exe" -autorun
Luca