Ciao
Puoi risolvere facendo caricare l'assembly dai dati binari del file anzichè dal file stesso, leggendoli te in anticipo:
Volevo comunque ricordare che assegnare un valore null ad una variabile non ti garantisce che l'oggetto venga distrutto immediatamente, infatti l'operazione verrà eseguita solo quando sarà ritenuto necessario dal Garbage Collector. Quando è possibile, per forzare il rilascio delle risorse bisogna usare il metodo Dispose delle classi che derivano dall'interfaccia IDisposable.
Luca